Taxonomie

ITIS

Constants

_TAXONOMIE_GBIF_CACHE_TIMEOUT = 86400 * 30 * 6: Période de renouvellement du cache de GBIF (6 mois).
_TAXONOMIE_GBIF_ENDPOINT_BASE_URL = 'https://api.gbif.org/v1/': Préfixe des URL du service web de GBIF.org.
_TAXONOMIE_GBIF_SITE_URL = 'https://www.gbif.org/fr/': URL de la page d'accueil du site ITIS.
_TAXONOMIE_ITIS_CACHE_TIMEOUT = 86400 * 30 * 6: Période de renouvellement du cache de Wikipedia (365 jours).
_TAXONOMIE_ITIS_ENDPOINT_BASE_URL = 'http://www.itis.gov/ITISWebService/': Préfixe des URL du service web de ITIS.
_TAXONOMIE_ITIS_REGEXP_RANKNAME = '#(%rank_list%):\s*(([A-Z]\s+)?[\w-]+)\s*(.+)\s*\[(\d+)\]\s*$#': Ligne d'un fichier ITIS hiérachie généré.
_TAXONOMIE_ITIS_SITE_URL = 'http://www.itis.gov': URL de la page d'accueil du site ITIS.
_TAXONOMIE_ITIS_TAXON_BASE_URL = 'http://www.itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?search_topic=TSN&search_value=': URL de base d'une page d'un taxon sur le site d'ITIS.

Functions

genie_taxonomie_actualiser_itis_dist() : int: Ce CRON permet de vérifier si les fichiers ITIS ayant servis à créer la base de taxons initiale ont été modifiés et si oui de déclencher une mise à niveau des taxons.
gbif_get_vernaculars() : array<string|int, mixed>: Renvoie les noms vernaculaires dans l'ensemble des langages supportés par Taxonomie pour un taxon identifié par son nom scientifique.
gbif_get_taxonkey() : int: Renvoie l'identifiant unique GBIF nommé taxonKey à partir du nom scientique du taxon.
gbif_find_language() : string: Renvoie la langue telle que le service ITIS la désigne à partir du code de langue de SPIP.
gbif_credit() : string: Construit la phrase de crédits précisant que les données fournies proviennent de la base de données d'ITIS.
itis_search_tsn() : array<string|int, mixed>: Recherche un taxon dans la base ITIS par son nom commun ou scientifique et retourne son identifiant unique nommé TSN ou 0 si le taxon n'existe pas.
itis_get_record() : array<string|int, mixed>: Renvoie l'ensemble des informations sur un taxon désigné par son identifiant unique TSN.
itis_get_information() : array<string|int, mixed>|int|string: Renvoie les informations demandées sur un taxon désigné par son identifiant unique TSN.
itis_list_vernaculars() : array<string|int, mixed>: Renvoie la liste des noms communs définis pour certains taxons dans une langue donnée mais tout règne confondu.
itis_read_hierarchy() : array<string|int, mixed>: Lit le fichier hiérarchique ITIS des taxons d'un règne et renvoie la liste des taxons retenus.
itis_read_vernaculars() : array<string|int, mixed>: Lit le fichier des noms communs - tout règne confondu - d'une langue donnée et renvoie un tableau de tous ces noms indexés par leur TSN.
itis_read_ranks() : array<string|int, mixed>: Lit le fichier des rangs d'un règne donné et construit la hiérarchie de ces mêmes rangs.
itis_find_language() : string: Renvoie la langue telle que le service ITIS la désigne à partir du code de langue de SPIP.
itis_credit() : string: Construit la phrase de crédits précisant que les données fournies proviennent de la base de données d'ITIS.
itis_review_sha() : array<string|int, mixed>: Calcule le sha de chaque fichier ITIS fournissant des données, à savoir, ceux des règnes et ceux des noms communs par langue.

_TAXONOMIE_GBIF_CACHE_TIMEOUT

Période de renouvellement du cache de GBIF (6 mois).


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_GBIF_CACHE_TIMEOUT
    = 86400 * 30 * 6

_TAXONOMIE_GBIF_ENDPOINT_BASE_URL

Préfixe des URL du service web de GBIF.org.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_GBIF_ENDPOINT_BASE_URL
    = 'https://api.gbif.org/v1/'

_TAXONOMIE_GBIF_SITE_URL

URL de la page d'accueil du site ITIS.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_GBIF_SITE_URL
    = 'https://www.gbif.org/fr/'

Cette URL est fournie dans les credits.

_TAXONOMIE_ITIS_CACHE_TIMEOUT

Période de renouvellement du cache de Wikipedia (365 jours).


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_ITIS_CACHE_TIMEOUT
    = 86400 * 30 * 6

_TAXONOMIE_ITIS_ENDPOINT_BASE_URL

Préfixe des URL du service web de ITIS.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_ITIS_ENDPOINT_BASE_URL
    = 'http://www.itis.gov/ITISWebService/'

_TAXONOMIE_ITIS_REGEXP_RANKNAME

Ligne d'un fichier ITIS hiérachie généré.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_ITIS_REGEXP_RANKNAME
    = '#(%rank_list%):\s*(([A-Z]\s+)?[\w-]+)\s*(.+)\s*\[(\d+)\]\s*$#'

Il est indispensable de respecter les majuscules des noms de groupe pour éviter de matcher les suborder, infrakingdom...

_TAXONOMIE_ITIS_SITE_URL

URL de la page d'accueil du site ITIS.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_ITIS_SITE_URL
    = 'http://www.itis.gov'

Cette URL est fournie dans les credits.

_TAXONOMIE_ITIS_TAXON_BASE_URL

URL de base d'une page d'un taxon sur le site d'ITIS.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_ITIS_TAXON_BASE_URL
    = 'http://www.itis.gov/servlet/SingleRpt/SingleRpt?search_topic=TSN&amp;search_value='

Cette URL est fournie dans les credits.

genie_taxonomie_actualiser_itis_dist()

Ce CRON permet de vérifier si les fichiers ITIS ayant servis à créer la base de taxons initiale ont été modifiés et si oui de déclencher une mise à niveau des taxons.


    
                    genie_taxonomie_actualiser_itis_dist(int $last) : int

Etant donné que les sha des fichiers sont enregistrés dans la meta de chaque règne, la fonction compare ces valeurs aux sha des fichiers embarqués dans le plugin. Les fichiers des taxons de chaque règne ainsi que les fichiers de traductions sont pris en compte. Si un fichier a changé on recharge le ou les règnes concernés.

Parameters

$last : int: Timestamp de la date de dernier appel de la tâche.

Return values

int —

Renvoie toujours la valeur 1

gbif_get_vernaculars()

Renvoie les noms vernaculaires dans l'ensemble des langages supportés par Taxonomie pour un taxon identifié par son nom scientifique.


    
                    gbif_get_vernaculars(array<string|int, mixed> $search) : array<string|int, mixed>

Parameters

$search : array<string|int, mixed>

Tableau contenant le taxon à chercher:

taxon_key : identifiant numérique unique GBIF.
tsn : identifiant ITIS du taxon, le TSN. Il sert uniquement à créer le fichier cache.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des noms vernaculaires indexés par le code spip du langage.

gbif_get_taxonkey()

Renvoie l'identifiant unique GBIF nommé taxonKey à partir du nom scientique du taxon.


    
                    gbif_get_taxonkey(string $nom_scientifique) : int

Parameters

$nom_scientifique : string: Chaine de recherche représentant le nom scientifique du taxon.

Return values

int —

Identifiant numérique unique du taxon ou 0 sinon.

gbif_find_language()

Renvoie la langue telle que le service ITIS la désigne à partir du code de langue de SPIP.


    
                    gbif_find_language(string $spip_language) : string

Parameters

$spip_language : string: Code de langue de SPIP. Prend les valeurs fr, en, es, etc. La variable globale $GLOBALS['itis_language'] définit le transcodage langue ITIS vers code SPIP.

Return values

string —

Langue au sens d'ITIS en minuscules - french, english, spanish - ou chaine vide sinon.

gbif_credit()

Construit la phrase de crédits précisant que les données fournies proviennent de la base de données d'ITIS.


    
                    gbif_credit(int $id_taxon, array<string|int, mixed> $informations) : string

Parameters

$id_taxon : int: Id du taxon nécessaire pour construire l'url de la page GBIF.
$informations : array<string|int, mixed>: Tableau des informations complémentaires sur la source. Pour GBIF ce tableau est vide.

Return values

string —

Phrase de crédit.

itis_search_tsn()

Recherche un taxon dans la base ITIS par son nom commun ou scientifique et retourne son identifiant unique nommé TSN ou 0 si le taxon n'existe pas.


    
                    itis_search_tsn(string $action, string $search[, null|bool $strict = true ]) : array<string|int, mixed>

Selon le critère de correspondance de la recherche (stricte ou pas) la fonction retourne un ou plusieurs taxons.

Parameters

$action : string: Recherche par nom commun ou par nom scientifique. Prend les valeurs commonname, scientificname ou commonnamebegin.
$search : string: Nom à rechercher précisément. Seul le taxon dont le nom coincidera exactement sera retourné.
$strict : null|bool = true: true indique une correspondance stricte de la chaine recherchée ce qui a pour conséquence de renvoyer une seule valeur de TSN. false indique une correspondance partielle et peut donc renvoyer plusieurs TSN.

Return values

array<string|int, mixed> —

Si la recherche est stricte, la fonction retourne l'identifiant unique TSN dans la base ITIS ou 0 si la recherche échoue. Sinon, la fonction retourne une liste de couples de valeurs (TNS, valeur trouvée).

itis_get_record()

Renvoie l'ensemble des informations sur un taxon désigné par son identifiant unique TSN.


    
                    itis_get_record(int $tsn) : array<string|int, mixed>

Parameters

$tsn : int: Identifiant unique du taxon dans la base ITIS, le TSN

Return values

array<string|int, mixed> —

Si le taxon est trouvé, le tableau renvoyé possède les index associatifs suivants:

nom_scientifique : le nom scientifique complet du taxon tel qu'il doit être affiché (avec capitales).
rang : le nom anglais du rang taxonomique du taxon
regne : le nom scientifique du règne du taxon en minuscules
tsn_parent : le TSN du parent du taxon ou 0 si le taxon est un règne
auteur : la citation d’auteurs et la date de publication
nom_commun : un tableau indexé par langue (au sens d'ITIS en minuscules, english, french, spanish...) fournissant le nom commun dans chacune des langues
credibilite : Information sur la crédibilité des informations du taxon
usage_valide : Indication sur la validité de l'utilisation du taxon
zone_geographique : un tableau indexé par langue unique english des zones géographiques où le taxon est localisé. Les zones sont libellées en anglais.

itis_get_information()

Renvoie les informations demandées sur un taxon désigné par son identifiant unique TSN.


    
                    itis_get_information(string $action, int $tsn) : array<string|int, mixed>|int|string

Parameters

$action : string

Type d'information demandé. Prend les valeurs

scientificname : le nom scientifique du taxon
kingdomname : le règne du taxon
parent : le taxon parent dont son TSN
rankname : le rang taxonomique du taxon
author : le ou les auteurs du taxon
coremetadata : les métadonnées (à vérifier)
experts : les experts du taxon
commonnames : le ou les noms communs
othersources : les sources d'information sur le taxon
hierarchyfull : la hiérarchie complète jusqu'au taxon et ses descendants directs
hierarchyup : la hiérarchie limitée au parent direct

$tsn : int

Identifiant unique du taxon dans la base ITIS (TSN)

Return values

array<string|int, mixed>|int|string —

Chaine ou tableau caractéristique du type d'information demandé.

itis_list_vernaculars()

Renvoie la liste des noms communs définis pour certains taxons dans une langue donnée mais tout règne confondu.


    
                    itis_list_vernaculars(string $language) : array<string|int, mixed>

Peu de taxons sont traduits dans la base ITIS, seules le français, l'anglais et l'espagnol sont réellement utilisables. Pour l'anglais, le nombre de taxons est très important car les 4 règnes non supportés par le plugin Taxonomie sont fortement traduits.

Parameters

$language : string: Langue au sens d'ITIS écrite en minuscules. Vaut french, english, spanish...

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des noms communs associés à leur TSN. Le format du tableau est le suivant:

l'index représente le TSN du taxon,
la valeur fournit le tableau des noms communs, chaque nom étant préfixé du code de langue de SPIP (ex: [fr]bactéries)

itis_read_hierarchy()

Lit le fichier hiérarchique ITIS des taxons d'un règne et renvoie la liste des taxons retenus.


    
                    itis_read_hierarchy(string $kingdom, array<string|int, mixed> $ranks_hierarchy[, null|string &$sha_file = '' ]) : array<string|int, mixed>

Parameters

$kingdom : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.
$ranks_hierarchy : array<string|int, mixed>: Liste des rangs disponibles pour le règne concerné structurée comme une hiérarchie du règne aux rangs inférieurs. Cette liste contient tous les rangs principaux, secondaires et intercalaires. Le tableau est de la forme [nom anglais du rang en minuscules] = détails du rang
$sha_file : null|string = '': Sha calculé à partir du fichier de taxons correspondant au règne choisi. Le sha est retourné par la fonction afin d'être stocké par le plugin.

Return values

array<string|int, mixed> —

Chaque élément du tableau est un taxon. Un taxon est un tableau associatif dont chaque index correspond à un champ de la table spip_taxons. Le tableau est ainsi prêt pour une insertion en base de données.

itis_read_vernaculars()

Lit le fichier des noms communs - tout règne confondu - d'une langue donnée et renvoie un tableau de tous ces noms indexés par leur TSN.


    
                    itis_read_vernaculars(string $language[, null|string &$sha_file = '' ]) : array<string|int, mixed>

La base de données ITIS contient souvent plusieurs traductions d'une même langue pour un taxon donné. Cette fonction met à jour séquentiellement les traductions sans s'en préoccuper. De fait, c'est la dernière traduction rencontrée qui sera fournie dans le tableau de sortie.

Parameters

$language : string: Langue au sens d'ITIS écrite en minuscules. Vaut french, english, spanish etc.
$sha_file : null|string = '': Sha calculé à partir du fichier des noms communs choisi. Le sha est retourné par la fonction afin d'être stocké par le plugin.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des noms communs d'une langue donnée indexé par TSN. Le nom commun est préfixé par le tag de langue SPIP pour être utilisé simplement dans une balise <multi>.

itis_read_ranks()

Lit le fichier des rangs d'un règne donné et construit la hiérarchie de ces mêmes rangs.


    
                    itis_read_ranks(string $kingdom[, null|string &$sha_file = '' ]) : array<string|int, mixed>

Parameters

$kingdom : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.
$sha_file : null|string = '': Sha calculé à partir du fichier de taxons correspondant au règne choisi. Le sha est retourné par la fonction afin d'être stocké par le plugin.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des rangs identifiés par leur nom scientifique en anglais et organisé comme une hiérarchie du règne au rang de plus bas niveau.

itis_find_language()

Renvoie la langue telle que le service ITIS la désigne à partir du code de langue de SPIP.


    
                    itis_find_language(string $spip_language) : string

Parameters

$spip_language : string: Code de langue de SPIP. Prend les valeurs fr, en, es, etc. La variable globale $GLOBALS['itis_language'] définit le transcodage langue ITIS vers code SPIP.

Return values

string —

Langue au sens d'ITIS en minuscules - french, english, spanish - ou chaine vide sinon.

itis_credit()

Construit la phrase de crédits précisant que les données fournies proviennent de la base de données d'ITIS.


    
                    itis_credit(int $id_taxon[, null|array<string|int, mixed> $informations = [] ]) : string

Parameters

$id_taxon : int: Id du taxon nécessaire pour construire l'url de la page ITIS fournissant une information complète sur le taxon.
$informations : null|array<string|int, mixed> = []: Tableau des informations complémentaires sur la source. Pour ITIS ce tableau est vide.

Return values

string —

Phrase de crédit.

itis_review_sha()

Calcule le sha de chaque fichier ITIS fournissant des données, à savoir, ceux des règnes et ceux des noms communs par langue.


    
                    itis_review_sha() : array<string|int, mixed>

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau à deux index principaux:

taxons : tableau associatif indexé par règne
traductions : tableau associatif par code de langue SPIP

ITIS

Table of Contents

Constants

Functions

Constants

_TAXONOMIE_GBIF_CACHE_TIMEOUT

_TAXONOMIE_GBIF_ENDPOINT_BASE_URL

_TAXONOMIE_GBIF_SITE_URL

_TAXONOMIE_ITIS_CACHE_TIMEOUT

_TAXONOMIE_ITIS_ENDPOINT_BASE_URL

_TAXONOMIE_ITIS_REGEXP_RANKNAME

_TAXONOMIE_ITIS_SITE_URL

_TAXONOMIE_ITIS_TAXON_BASE_URL

Functions

genie_taxonomie_actualiser_itis_dist()

Parameters

Tags

Return values

gbif_get_vernaculars()

Parameters

Tags

Return values

gbif_get_taxonkey()

Parameters

Tags

Return values

gbif_find_language()

Parameters

Return values

gbif_credit()

Parameters

Return values

itis_search_tsn()

Parameters

Tags

Return values

itis_get_record()

Parameters

Tags

Return values

itis_get_information()

Parameters

Tags

Return values

itis_list_vernaculars()

Parameters

Tags

Return values

itis_read_hierarchy()

Parameters

Tags

Return values

itis_read_vernaculars()

Parameters

Tags

Return values

itis_read_ranks()

Parameters

Return values

itis_find_language()

Parameters

Tags

Return values

itis_credit()

Parameters

Return values

itis_review_sha()

Tags

Return values